À cette époque, Hamilton écrivait à Lafayette: «J’ai vu avec un mélange de plaisir et d’appréhension le déroulement des événements qui ont eu lieu récemment dans votre pays. En tant qu’ami de l’humanité et de la liberté, je me réjouis des efforts que vous déployez pour l’établir, alors que je crains beaucoup pour le succès final des tentatives, pour le sort de ceux que j’estime qui y participent. » À ce moment-là, en 1789, Hamilton faisait partie d’une minorité d’Américains qui pensaient que la Révolution française pouvait devenir laide; la plupart préféraient une vision optimiste de Jefferson qui prédisait que la bonté de la nature humaine régnerait.
En juin 1791, déjà de plus en plus impopulaire parmi les dirigeants jacobins comme Maximillien de Robespierre et Georges Danton pour son traitement apparemment moelleux de la famille royale, Lafayette devint un ennemi de l’opinion publique. Cela s’est produit soudainement et violemment lorsqu’il a réprimé un rassemblement de 10 000 personnes après que deux hommes accusés d’être des espions secrets pour la monarchie ont été pendus dans une lynchage. Lafayette a ordonné à la Garde nationale de tirer sur la foule, blessant et tuant des dizaines de personnes. Par la suite, une nouvelle foule s’est rassemblée et a détruit la maison de Lafayette et a tenté d’agresser sa femme. Robespierre a qualifié Lafayette de traître à la Révolution et Lafayette a rapidement démissionné de son poste à la Garde nationale.
Même sans pouvoir, Lafayette écrivait toujours sur la nécessité d’épargner le roi et la reine. En août 1792, Danton a lancé un mandat d’arrêt contre Lafayette. Le roi Louis XVI, quant à lui, a été exécuté à la guillotine le 21 janvier 1793, où des écoliers léchaient les taches de sang qui jaillissaient de son cou et tombaient sur le sol. Marie Antoinette subirait le même sort plus tard cette année-là, mais le 1er février, la France avait déjà déclaré la guerre à la Grande-Bretagne, ainsi qu’à la Hollande et à l’Espagne, et exigé que les États-Unis se joignent à eux dans les combats à venir. Le secrétaire d’État Jefferson était enthousiaste, mais de nombreux Américains étaient venus au cynisme de Hamilton à propos de la Révolution française, notamment le président Washington. Le vice-président John Adams le résume le mieux: «Danton, Robespierre, Marat, etc. sont des fureurs. Des dents de dragons ont été semées en France et se présenteront comme des monstres. »
Lafayette, pour sa part, a tenté de fuir vers les États-Unis. Il n’est pas allé plus loin que les Pays-Bas autrichiens (actuellement la Belgique). Là, il a été arrêté par le gouvernement rival et a commencé plus de cinq ans d’enfer. Il a fait mieux que les membres de sa famille. La sœur, la mère et la grand-mère de sa femme sont toutes tombées sous la guillotine et les acclamations de la foule sous le règne de la terreur. Son épouse, quant à elle, lui a demandé la permission d’emmener ses cinq enfants et de rester avec Lafayette en prison.
À ce stade, Lafayette avait passé plus d’un an en isolement cellulaire après avoir presque échappé à la garde à vue autrichienne avec l’aide d’Angelica Schuyler Church (sœur d’Eliza et belle-sœur de Hamilton). À titre de punition, il était à moitié affamé lorsque sa femme et ses quatre filles sont restées avec lui dans sa cellule. Ailleurs, son fils Georges Washington s’est enfui en Amérique où il espérait rencontrer son homonyme, le président des États-Unis. Washington, qui considérait Lafayette comme un fils, aurait voulu rencontrer le garçon mais ne pouvait pas le faire sans avoir l’air de loger le fils d’un traître accusé chez notre allié nominal. Au lieu de cela, Georges a passé l’hiver de 1796 à vivre avec Alexander et Eliza Hamilton avant de rencontrer enfin l’ancien président le printemps suivant.
