En tant que défié, Hamilton avait le droit de choisir les armes apportées à Weehawken. Étrangement, ils appartenaient à son beau-frère John Barker Church, et étaient tous les deux les mêmes fusils que son fils utilisait et que Church a utilisés à une autre occasion dans un duel contre Burr – la plus grande blessure étant alors Burr perdant un bouton de son manteau . Les canons, produits à Londres, étaient une affaire voyante de barils en laiton et de montures en or. Leurs cartouches extrêmement larges de calibre .54 avaient une faible précision – comme tout pistolet de duel devrait le faire – mais étaient extrêmement dangereuses à bout portant.
À sept heures du matin, Hamilton et Burr ont pris position… mais avant le début du tir, Hamilton a demandé un délai. “Arrête”, dit-il. “Dans certains états de lumière, il faut des lunettes.” Burr acquiesça patiemment. Et comme ses apologistes l’ont noté plus tard, cela ne donnait aucune indication que Hamilton prévoyait de jeter son coup de feu quand il louchait dans ses lunettes et visait plusieurs cibles imaginaires, y compris peut-être Burr. Les mêmes apologistes aiment également souligner que Hamilton n’a pas dit à Burr que les armes à feu avaient une gâchette. Mais toute suggestion d’intentions sournoises est écartée par Pendleton, rappelant qu’il a demandé s’il devait régler la gâchette, et Hamilton a répondu: «Pas cette fois.»
Après que Hamilton ait été satisfait de sa vision, le duel a commencé. Dès que Pendleton a prononcé «présent», deux coups de feu ont retenti, comme l’attestaient Van Ness, Pendleton et Hosack. Le temps qui s’est écoulé entre ces coups de feu et qui a tiré le premier est une autre affaire. Néanmoins, il est convenu que Hamilton est tombé presque instantanément après avoir été frappé, et la première réaction de Burr a été de commencer vers son ancien ami. Même Pendleton a concédé quand il a vu Burr marcher vers les morts, il avait «une expression de regret». Cependant, le deuxième de Burr, Van Ness, ne lui permettrait pas d’atteindre Hamilton. Les rameurs approchaient plutôt. Afin de maintenir ce déni toujours précieux, Van Ness, de manière assez absurde pour l’œil moderne, bloquait la vision de Burr (et le cachait également aux rameurs) en ouvrant un parapluie et en l’utilisant comme bouclier.
Van Ness a ramené Burr à l’eau où le vainqueur a dit: «Je dois aller lui parler», mais Van Ness a refusé. Pendant ce temps, dès que le Dr Hosack est arrivé à Hamilton, le secrétaire au Trésor aurait dit: «C’est une blessure mortelle, docteur» avant de s’évanouir. Pour sa part, Hosack soupçonnait Hamilton d’être mort avant d’arriver à Manhattan. Cela s’est avéré inexact. Hamilton a même repris conscience sur le bateau et a demandé à un rameur de faire attention à son pistolet, car il pensait qu’il n’était “toujours pas déchargé”, suggérant que Hamilton ignorait qu’il avait tiré avec le pistolet dans le duel.
En arrivant à New York, Hamilton a été précipité chez un ami et loyaliste James Baynard. Il se trouve que la balle était entrée à deux ou trois pouces de sa hanche, ricochant à travers sa cage thoracique, lui transperçant le foie et s’installant finalement dans la deuxième vertèbre lombaire de sa colonne vertébrale. Il mourut lentement dans le manoir de Baynard au cours des 30 heures suivantes. Le lendemain, à 14 heures, il est décédé avec Eliza, leurs sept enfants survivants, la belle-sœur Angelica et un évêque épiscopal présent.
